По принцип чесънът е доста устойчив на заболявания, но има години, в които е трудно дори да заделим посадъчен материал за следващия активен сезон. Нерядко причината е в неспазване на правилата на сеитбообращението. Чесънът не трябва да се отглежда там, където вече е засаждан, през следващите 3-4 години, а също и след родствени култури като например кромида.
Като профилактична мярка срещу болестите и част от вредителите преди засаждането на чесъна скилидките се обеззаразяват в топла вода (около 50 градуса по Целзий) в продължение на 15 минути. По време на растежа чесънът се пръска с разтвор на борна киселина (10 грама на 10 литра вода). Освен това след прибирането на реколтата всички растителни остатъци в градината трябва да се събират и изгарят, за да намалим шансовете за оцеляване на гъбичките.
Много е важно реколтата от чесън да се съхранява в студено сухо помещение, тъй като голяма част от заболяванията се проявяват едва след прибирането ѝ, обикновено при съхранението за консумация или в заделения посадъчен материал. Необходимо е също така да бъде преглеждана редовно, за да засечем навреме болните глави и скилидки и да ги отстраним, а за тази цел трябва да познаваме основните признаци на заболяванията.
От шийно гниене боледува най-често кромидът, но се среща и при чесъна. Проявява се едва в мазето – главите омекват и от тях се разнася неприятна миризма. За намаляване на шансовете за появата му за съхранение се оставя само напълно узрял чесън без каквито и да било видими признаци на заболяване.
При фузариум (загниване на дънцето) чесънът омеква и започва да гние, а на дънцето се появява бял налеп. Борбата със заболяването е изключително трудна. Препоръчва се използването на здрав посадъчен материал и смяна на мястото на лехите с чесъна.
Ако скилидките пожълтяват и по тях се появяват вдлъбнатини и язви на ивици, вероятно се проявява бактериоза. Болестта поразява най-често недозрелия или изсушения в недостатъчна степен чесън. Като профилактична мярка може да потопим за 5-10 минути скилидките в солен разтвор – 3-4 лъжици сол на 5 литра вода.
Част от заболяванията се проявяват още в лехата. От брашнестата мана листата на чесъна пожълтяват и стават чупливи, особено ако времето се задържи мрачно за по-продължителен период. Растенията могат да бъдат защитени с пръскане с 1-процентов бордолезов разтвор.
Ако върху листата се появят жълти или червеникави ивици, значи чесънът е заболял от ръжда. Оставим ли болестта да се развива на спокойствие, растенията загиват, а реколтата е слаба, тъй като главите остават дребни. Срещу ръждата се пръска с препарати, съдържащи мед, а за засаждане се подбират само здрави скилидки.
