Според методиката за кръстосано съответствие, чиито проверки на фонд „Земеделие” вървят и в момента, при неспазване на законоустановените изисквания за управление (ЗИУ) в зоните от НАТУРА, полагащите се субсидии по мярката за „Агроекология и климат” се орязват с определен процент. Особено тежки са санкциите, ако промените предназначеинето на земеделската земя. Става въпрос за пасища, ливади и мери), трайни насаждения или обработваеми земи в зоните с местообитания на защитени видове.
Ако при проверките се установи, че умишлено сте променили предназначението на площ от 10 - 20 или над 20 декара от защитената зона, очакваната субсидия ще ви бъде намалена с 25 до 100 процента от предвиденото. Същото важи, ако сте разорали или засаждали площта с други видове. При нарушение за площ до 10 декара и ако това е станало умишлено, субисидията ви се орязва с 15%.
При нарушена забрана да се използват минерални торове, пестициди в постоянно затревени площи от НАТУРА, санкциите са аналогични. Ако при проверката се установи, че тази химия е използвана на плод до 10 декара, помощта се орязва с 15 на сто, ако е до 20 и над 20 – декара, намалението е между 25% и 100% от дължимата субсидия.
При нарушения, свързани с опазването на дивите птици, при положение, че че в зоната, за чието опазване отговаряте е допуснат лов на редки птици или пък са били незаконно са събирани яйца от гнездата, това се смята за умишлено деяние. В тези случаи субсидията, ползвана за НАТУРА може да се ореже изцяло.
Подобно е наказанието и за неспазване на забраната, разписана в ЗИУ 3.8 в НАТУРА. ЗИУ 3.8. А именно, че в НАТУРА има вето върху разораването, залесяването и създаването на трайни насаждения, плодови и зеленчукови култури, зърнено-бобови култури, листностъблени зеленчукови култури, кореноплодни зеленчукови култури, луковични зеленчукови култури, маслодайни култури, влакнодайни култури, етеричномаслени култури, едногодишни или многогодишни фуражни култури на територията определена с координатен регистър на разпространението на природно местообитание 62C0, известни като Понто-сарматски степи.
Ако нарушите Национален стандарт 7в, според който съществуващите постоянни пасища, мери и ливади трябва да се чистят от нежелана растителност като орловата папрат (Pteridium aquilinum), чемерика (Veratrum spp.), айлант (Ailanthus altissima) или аморфа (Amorpha fruticosa), субсидията се намалява с 25 до 100%, ако са намерени нежелани растения в размер от 20 до 100% от декларираните пасища.
Пълният текст на методиката е качена на интернет страницата на МЗХГ