По дърветата остават да зимуват причинителите на редица болести: съчмянката по костилковите, кафявото гниене, къдравостта по прасковата, струпясването по крушите и ябълките, бялата ръжда по черешата, червените листни петна по сливата и др. Освен това преживяват и много неприятели: плодовите червеи, щитоносните въшки, яйцата на акарите и листните въшки, щитчетата на ябълковия молец и др. На повърхността на почвата и в нея най-често зимуват листоминиращите молци, крушовата дървеница, лъжегъсениците на ябълковата и крушовата плодови оси, на черната сливова оса, какавидите на черешовата муха и др. През пролетта вредителите отново се появяват и започват своята вредна дейност. Провеждането на необходимите есенни мероприятия дава възможност да се унищожат източниците на зараза, в които неприятелите и причинителите на болести се запазват и презимуват.
Мумифицираните, останали по дърветата плодове, трябва да се свалят защото в тях остава заразата на кафявото гниене. Опадалите изгнили плодове да се съберат и унищожат, като се закопаят дълбоко или се изгорят.
Леторастите, повредени от кафявото гниене и брашнестата мана, също и счупените и изсъхнали такива, да се изрежат, съберат и изгорят. Раните да се замажат с блажна боя. Старата и напукана кора по стъблото и дебелите клони да се остърже. Под нея зимуват запашкулените гъсеници на плодовите червеи. Загиващите дървета да се изкоренят. Изрязаните отпадъци да се съберат и изнесат от градината.
При есенната обработка на почвата – изораване или прекопаване на дълбочина над 15 см, се заравят опадалите листа и плодове. По този начин се унищожават причинителите на струпясването на ябълката и крушата, бялата ръжда по черешата, червените листни петна по сливата, миниращите молци и др. При дълбоката обработка загиват и голяма част от почвените насекоми.
Изрязват се и се унищожават и гнездата на листогризещите гъсеници – бялата овощна пеперуда, златозадката, яйчните купчинки на гъботворката, яйчните пръстенчета на пръстенотворката.
В по-топлите дни има възможност и за започване на резитбата за прореждане и просветляване на короната.
През есента, най-често в началото на ноември, когато са опадали около 80 % от листата, се извършва първото пръскане срещу къдравостта по прасковата с 2% бордолезов разтвор. След листопада с 2 % бордолезов разтвор се пръскат и костилковите видове срещу съчмянката и кафявото гинене. В ябълковите и крушовите градини, в които през годината е имало силно нападение от струпясване веднага след обиране на плодовете се пръскат дърветата и окапалите листа с 5 % разтвор от карбамид. След пълния листопад се пръскат само опадалите върху почвата листа.
Напръскване с карбамид 4 % се препоръчва и срещу болестта гномония по кайсията.
При ябълките, крушите и дюлите, заразени от опасната болест “огнен пригор”, се препоръчват следните оздравителни мерки: заразените клонки се изрязват 20-30 см. под границата между здравата и болната част, събират се и се изгарят. След всеки отрез инструментите се обеззаразяват с 10 % разтвор от белина или формалин, или спирт за горене, разреден с вода в съотношение 1:3. Със същия разтвор се намазват и получените рани. След беритбата се пръска с 2 % бордолезов разтвор или препарата шампион ВП – 0,3 %.