Прибрани и съхранени, лукът и чесънът не са застраховани от болести. За да останат здрави, изключително важно е да са отглеждани според правилата. А също и преди съхранението да са отстранени болните и повредените. Важно е и периодично да преглеждате съхранявания лук и чесън за болести.
Шийното гниене е типична болест на съхранявания лук през зимата. То започва откъм шийката, която омеква и хлътва. Повредите обхващат цялата луковица, тя става мека и ослизена. Луковиците постепенно потъмняват и се мумифицират, остават само обвивните люспи. Появява се обилна сива плесен. Необходимо е да се изважда навреме и да се просушава добре. Стъблата да се отрязват на 2,5-5 см над шийката на растението. Ако се появят загнили луковици, те трябва да се отстранят веднага, за да не заразяват останалите. Затова периодично преглеждайте зимнината си. Най-подходящата температура за запазване на лука е 1 -2 градуса.
Сипкавото (меко) гниене по лука започва преди изваждането му, но типичните признаци са по време на съхранението. При разрез на луковиците се вижда, че някои от вътрешните люспи гният, а най-вътрешната остава суха и загнива последна. Гниещите тъкани имат мека, слабо втечнена, но сипкава консистенция. Повредите започват откъм шийката. Заразяването най-често се получава, когато се изрежат недостатъчно изсъхнали стъблата.
Черното гниене засяга не само лука, но и чесъна. Болните луковици се размекват. Между люспите се образува обилна черна праховита маса. Постепенно цялата луковица се мумифицира. За да се предпазят от болестта, нужно е да се засаждат здрави луковички и скилидки. Лукът и чесънът да се съхраняват на хладно и проветриво място.
Сивото гниене се наблюдава често по чесъна. Външните люспи на луковиците потъмняват и върху тях се виждат черни телца. Обелените скилидки в основата имат жълтеникави, слабо вдлъбнати петна. Повредите се разрастват, луковиците се напукват, скилидките се отделят, постепенно завяхват и се мумифицират. При влага се появява сив налеп.
Бялото гниене по чесъна се появява още преди прибирането. Люспите на лука и скилидките на чесъна загниват отвън навътре. Върху тях се образува бял паму-кообразен налеп, по-късно тъмен, с многобройни черни телца. Луковиците се спаружват, стават леки и шуплести. От болестта боледува и празът.