Огромни щети на околната среда във всички региони на света причиняват химическите пестициди - инсектициди, фунгициди, хербициди и нискокачествени торове както в открити, така и на закрити площи. Нещо повече, само 1-2% от използваните пестициди имат благотворен ефект. Останалата част от тях остават на растението, потискат неговото развитие, намаляват периода на вегетация и плододаване, влизат в контакт с почвата и убиват полезната микрофлора, спират естествения процес на гниене и ферментация на растителните остатъци.
Друг отрицателен ефект от употребата на пестициди е унищожаване на полезните насекоми опрашители. Около 80% от всички цъфтящи растения се опрашват от насекоми: пчели и други полезни видове, които представляват само около 20% от всички видове насекоми.
Особено голяма е вредата, причинена от химикалите, които се използват в закрити площи - парници и оранжерии, когато обработването с пестициди не е 1-2 пъти (до началото на плододаване, както е препоръчително), а до 30 пъти по време на цялата вегетация. И което е още по-вредно – процесът на пръскане се прекратява едва няколко дни преди беритбата на реколтата от краставици, домати, чушки и зелени листни култури. Такъв продукт става особено вреден за човешкото здраве, тъй като всички части на растението са пропити с отрови.
Много от пестицидите променят хранителната стойност на растенията – каротина в морковите намалява многократно, в ябълките намаляват ензимите и витамините. Високото съдържание на нитрати в зеленчуците намалява способността им за дългосрочно съхранение и вреди на здравето на хората. Ние знаем, че зеленчуците отглеждани в закрити площи с използване на пестициди, се съхраняват много трудно дори в хладилник, за разлика от тези, които сме отгледали в градината без употребата на пестициди.
Има вече научни данни, които показват че пестицидите могат да променят дори и техническата структура на растенията, да предизвикат стерилитет, генетични и морфологични промени във вегетативните им органи. Пестицидите могат драматично да променят качеството на агрономическите култури.
В същото време, приносът на пестициди за депресиране на вредните насекоми във всяка агросистема не е повече от един процент от общия брой на видовете. Следователно, използването на пестициди засяга главно не само обектите, срещу които са насочени, но също и много други видове, които са регулатори и унищожаването на които води до избухване на каламитет на потиснати при естествени условия вредни видове.
В допълнение към това е установено, че почти всички видове насекоми развиват резистентност към пестицидите. Това принуждава производителите да развиват и използват все по-токсични и скъпи химични съставки. В същото време, съпротива от страна на насекомите има към всички групи пестициди, независимо от техния химически състав.