Режимът на люпене представлява комплекс от условия в инкубатора, които създават подходящи условия за люпенето на яйцата. Средата за люпене трябва да наподобява, а в новите системи инкубатори - да бъде и по-добра от тази, която създават мътачките, с което се гарантира висока люпимост на оплодените яйца - при някои видове птици (кокошки) тя да бъде около и над 90 на сто. Режимът на люпене зависи от умелото съчетаване на няколко фактора - температура, относителна влажност на въздуха, въздухообмен (вентилация), обръщане на яйцата и други, по-слаби косвени влияния. В началото на съвременното изкуствено люпене режимът на люпене се контролираше с термометър и психрометър (влагомер). По-късно с развитието на електротехниката бяха създадени контактните термометри, които включват и изключват автоматично всички системи и агрегати в инкубаторите и люпилнята. Сега почти всички нови типове инкубатори се контролират с електронни устройства с цифров дисплей. Някои от тях освен температурата и влажността отчитат часа и деня от залагането на яйцата за люпене, което улеснява инкубатористите за времето за провеждане на операциите. Контролът с помощта на измервателните уреди се съчетава с биологичния контрол, с който се проследява ходът на развитието на ембрионите. Биологичният контрол дава информация както за състоянието на микроклимата в инкубаторите, така и за някои качества, характеризиращи пълноценността на яйцата за люпене. В малките стопанства и фермите се използват най-различни системи и типове инкубатори - от малките плоски инкубатори за 20-30 яйца до модерните съвременни машини. Малките, по-просто устроени инкубатори имат уреди за контрол на температурата и влагомери за визуален контрол на температурата и влагомери за визуален контрол на относителната влажност на въздуха. Ефектът от люпенето зависи основно от умението на инкубаториста.
ТЕМПЕРАТУРА. В шкафовите (барабанни, люлкови, тунелни) инкубатори тя се поддържа в рамките на 37,6-37,8 и много рядко до 38 градуса. Отклонението в първите две температурни граници не трябва да надхвърля +- от 0,1 до 0,3 градуса, а в шкафовете за люпене, ако има такива - от 36,7 до 37,5 градуса. При плоските инкубатори отоплението се осъществява с електрически нагреватели или серпентини с топла вода под капака. Те загряват яйцата отгоре. При малките инкубатори няма вентилатори за разместване на пластовете въздух, при което яйцата се загряват повече в горната си част. Електрическият прекъсвач се нагласява да изключва при температура 38,4-38,5 градуса. При тази температура горната част на яйцата се загрява около 38 градуса, а долната - около 37-37,5 градуса. В естествени условия квачката, която има телесна температура около 40 градуса, загрява повече горната част на яйцата. За равномерно загряване тя ги обръща до 70 пъти в денонощието и ги размества, като прибира външните по-хладни яйца навътре, а по-топлите - навън. По този начин на всичките яйца се осигурява почти равномерно затопляне около оптималната температура за люпене. В плоските инкубатори след включването и изключването на отоплението в посочените параметри се постига температура на яйцата в средата им около 37,6-37,8 градуса. Настройката и начинът за работа с малките инкубатори са дадени в технологичните им инструкции за експлоатация. При някои плоски инкубатори се препоръчва яйцата да се разместват, за да придобият еднаква температура, особено ако те се подреждат в касетки на 2-3 етажа. Нарушаването на режима забавя люпенето или предизвиква аномалии в развитието на ембрионите.
ВЛАЖНОСТ. Относителната влажност на въздуха в инкубаторите влияе върху развитието на зародишите. С влажността се регулира топлоотделянето и изпарението на вода, респ. изсушаването и олекването на яйцата. Тя създава необходимата среда за протичане на биохимичните и физиологичните процеси в зародиша. Всяко отклоняване от установената оптимална влажност води до понижаване на люпимостта, смъртност на ембрионите или излюпване на нежизнени пилета. В периода на инкубиране на кокошите яйца до 18-ия ден, на пуешките и пачите - до 24-ия ден и на гъшите - до 28-ия ден, относителната влажност на въздуха трябва да бъде 55-65 на сто. През следващите три дни по време на люпенето влажността се повишава на 69-89 на сто. В българския инкубатор "Оптима 46" влажностният режим в инкубаторния шкаф се поддържа на три нива - 54, 59 и 65 на сто, а в люпилния шкаф - 69, 80 и 89 на сто.