Поради родствената близост на двата вида те се нападат от голяма група едни и същи патогени. Най-големи щети през последните години нанасят гъбните и бактериалните заболявания. Основна болест от гъбните е картофената мана с причинител Phytophtora infestans. Тя напада всички надземни части на доматите и картофите и нанася сериозни щети, а в някои случаи компрометира напълно реколтата. Болестта е разпространена в цялата страна, като особено силно се развива във високопланинските райони с хладен и влажен климат. Проявява се първо по листата от долните етажи като мокри зелени петна, които скоро покафеняват. От долната страна на листата зеленото петно образува белезникав, плесенов налеп. Постепенно петната преминават по листата и стеблата на горните етажи и растенията загиват.
По плода на доматите се появява ръждиво кафяво петно откъм дръжката, което прониква дълбоко в плода. При картофите освен надземните части се нападат и клубените. Месото им е ръждивокафяво, клубенът се съсухря - мумифицира се. При влага по нападнатите от картофена мана клубени се колонизират вторични паразити, които предизвикват мокро гниене. При съхранение на заразени картофи мокрото гниене се разпространява и обхваща цели ровници. Маната презимува като мицел в растителните остатъци от домати и картофи в почвата и в заразените картофени клубени. Благоприятни условия за развитие на маната са влагата и температури между 15 и 20 градуса. За да стане успешно заразяване, е необходимо по растенията да има капки вода, която да се задържи час-час и половина при 20-21 градуса или два-три часа при температура 15 градуса. Инкубационният период е в пряка зависимост от температурата и протича от 3 до 10 дни при 10-20 градуса. Най-добри условия за нарастване на мицела са при наличие на роса в продължение на 4 часа, температура през нощта 10-13 градуса и през деня - 20 градуса.
През тази година има сериозна опасност от поява и развитие на картофената мана и други гъбни и бактериални болести. Налице е богат фон за заразно начало в растителните остатъци и клубените в резултат на обилните валежи и наводнения през 2005 г. Локалните и посвеместни валежи напоследък и стабилизиране на температурите създават условия за активиране на гъбните болести. Болестите, причинени от различни бактерии, са другият опасен бич по домати и картофи. Бактериозите поразяват всички надземни части на растенията, от което тъканите почерняват и се вдлъбват.
По зелените плодове на доматите се появяват черни брадавички, които се разрастват и образуват струпеи. При вятър бактериите се разнасят от мястото на зараза на 500-1000 м. Ето защо всички домати, засадени в близост до заразени през 2005 г. площи, са застрашени. Това изисква строга профилактика, изразяваща се в пръскане с фунгициди преди и 1-2 дни след валежи.
За успешна борба с гъбните и бактериални болести при домати и картофи най-доброто решение са предпазните профилактични пръскания. Срещу картофената мана посевите от домати и картофи се пръскат предпазно с пероцин 75 Б в доза 300 г/дка, дитан М 45 - 200 г/дка, манкоцеб 80 ВП - 200 г/дка, полирам ДФ - 200 г/дка, браво 500 - 300 г/дка, и други контактни фунгициди. При установяване на картофена мана от службите за растителна защита контактните фунгициди трябва да се заменят със системни, защото освен предпазно те имат проникващо и лекуващо действие. Могат да се използват ридомил голд 68 МЦ ВГ в доза 250 г/дка, акробат МЦ - 200 г/дка, икуейшън про 40 г/дка, верита ВГ - 50 г/дка или корсейт М-ДФ - 250 г/дка. При третиране системните фунгициди се редуват поради опасност от резистентност. Интервалите между отделните пръскания със системни фунгициди са от 12-14 дни, важащи и за двете култури. Критичният период за зараза при картофите е фаза бутонизация и цъфтеж. Ако в този период се установи зараза, при тях и обстановката е валежна, с благоприятни температури за развитие на маната, пръсканията се сгъстяват през 7 дни.
Профилактиката срещу бактериозите по домати и картофи включва пръскания с медсъдържащи препарати като купроцин супер в доза 400 г/дка, купроксат ФП - 300 г/дка, 1 процент бордолезов разтвор и други. По-добро действие имат фунгицидите на база меден хидроокис като шампион ВГ, фунгуран ОН или косайд 101 ВП и трите в доза 300 г/дка. Медсъдържащите средства действат предпазно и на картофената мана и при опасност от бактериози могат да се включат в схемата за профилактични пръскания в по-късни фази.
