Най-голяма опасност от замърсяване с нитрати има при използването на високи количества минерални азотни торове при песъкливи почви, разположени върху речни тераси или при изобилно азотно торене на почвата в оранжерии върху песъкливи почви с плитки подпочвени води.
Друг източник на замърсяване на почвите и водите с азотни, както и с фосфорни съединения са интензивните животновъдни ферми, в които отпадъчните продукти от дейността им не се съхраняват правилно. Освен замърсяването с нитрати, друга вредна последица от интензивната употреба на физиологично кисели минерални азотни торове е вкисляването на почвата. Киселата почвена реакция затруднява усвояването от растенията на йоните на голям брой важни хранителни елементи (калий, калций, магнезий и други) и се повреждат клетъчните обвивки.
Освен това киселата реакция на почвата води и до увеличаване съдържанието на някои йони (алуминий, манган, мед, желязо и други) до токсични равнища и пречи на дейността на полезните микроорганизми в почвата. За да се избегнат неблагоприятните промени в почвата вследствие на торенето, количествата на минералните торове и пропорциите на елементите в тях трябва да бъдат балансирани и съобразени със изискванията на конкретната култура, климатичната характеристика на района, възрастта и фазата на развитие на растенията, прилаганата агротехника на отглеждане и свойствата на почвата.
Скоростта на вкисляване на почвата зависи не само от буферната способност на почвата, но и от прилаганите торови норми - с повишаването им този ефект се засилва многократно. Добре е да се ползват биологични източници на азот. При овощните култури и лозята това може да се постигне чрез отглеждането на култури за зелено торене в междуредията. Препоръчителна е употребата на органични торове (оборски, птичи и др.), понеже те освобождават бавно хранителните вещества, предпазвайки ги от измиване.