Особеното фитосанитарно значение на сеитбооборота е в това, че научно обоснованата система за редуване на културите способства за създаване на благоприятни условия за развитие на слънчогледа и неблагоприятни за вредните организми. Слънчогледът е полска култура, която не може дълго време да се отглежда безсменно, а трябва да се редува в сеитбооборот.
Изследванията с културата показват, че ротация през 2 години води до поражения от зараза до 86%, през 4 години – до 31%, през 7 години – до 13%, като добивът съответно е 40, 80, 100-140 кг/дка.
Основният извод от това е, че ротацията на слънчогледа по-кратка от 6 години се явява причина за рязко разпространение на зарази от болести – до 50% от посевната площ.
Както показват изследванията, при отглеждането на слънчогледа като монокултура развитието на зараза в посева може да достигне до 33%, а при ротация през 8 години, тя е не повече от 2,1%. От тези данни следва, че ротацията на слънчогледа в сеитбооборота трябва да бъде не по-малка от 8-10 години.
Данните от научни изследвания показват, че при монокултура или много кратък (4-годишен) срок, връщането му на предишното поле повишава пораженията на растенията от натрупването на начална инфекция в почвата, увеличава се числеността на популацията на вредителите и като цяло – висока фитотоксичност на почвата.
Известно е, че причинителите на повечето болести се съхраняват в почвата и в растителните остатъци. Така причинителят на маната по сдлънчогледа се съхранява във вид на ооспора в продължение на 9 години, склеротинията във вид на склероции – до 3 години. В следжътвените остатъци до следващата година остават телейтоспорите на ръждата, спорите на гъбите причиняващи болестите фома и фомопсис, листните петна (алтернория). Заразени семена от културата могат да останат жизнени в почвата до 8-12 години и по този начин да поддържат инфекциозния фон в площта.
В нормалното многополно сеитбообръщение, слънчогледът трябва да заема площ не повече т 8-12%. Само при такива условия вероятността от неговото поражение от зарази - мана, бяло и сиво гниене, фузариум, фомопсис и др. патогени се снижава до мининум. Докато срещу пораженията от мана и фомопсис могат да се използват високо устойчиви или толерантни хибриди и сортове слънчоглед, то към бялото и сиво гниене и фузариума такива няма и опасността за културата от тях остава. Причинителите на тези болести, освен фузариума, запазват жизнеността си в почвата не по-малко от 3-4 години.
За получаването на висок добив, снижаването на нивото на почвената инфекция и оптимизиране на плодородния почвен слой, слънчогледът трябва да се връща на предишното си място в сеитбообръщението след 8-10, а минимално след 6 години. Съкращаването на този срок до 4 години води до снижаване на добива от семена до 20%. Ако все пак има причини за връщане на слънчогледа в сеитбообръщение с по-кратка ротация, както често се случва във фермерските стопанства, е необходимо да се спазва следното правило: на същото поле той трябва да идва след отглеждането на 3-4 култури, които не се нападат от общи болести с него.