Лабораториите към Националната ветеринарномедицинска служба изследват над 30 000 проби годишно за антибиотици, хормонални препарати и други забранени субстанции в суровини и храни от животински произход, фуражи и питейни води. Изследванията се извършват в съответствие с Националната мониторингова програма за контрол на остатъците, която се актуализира ежегодно.
Два пъти месечно в лабораториите към регионалните ветеринарномедицински служби постъпват проби от млекосъбирателни пунктове, които се изследват за наличие на остатъчни вещества – антибиотици, хормонални препарати и др. Лабораториите анализират и проби от продукти и суровини от млекопреработвателни и месопреработвателни предприятия в зависимост от извършената предварително оценка на риска. Отделно на лабораторен анализ подлежат и проби, предоставени от самите предприятия в съответствие с техните системи за контрол на качеството.
При съмнение за наличие на забранени субстанции пробите се изпращат за потвърждение в Централната лаборатория по ветеринарно-санитарна експертиза и екология ( ЦЛВСЕЕ). Лабораторията изследва проби от суровини и храни от животински произход, фуражи и питейни води за общо 16 групи химически съединения по 35 различни аналитични метода. Съгласно изискванията всички животни влизат в кланиците с придружителни декларации от собствениците и регистрираните частнопрактикуващи ветеринарните лекари, че животните не са третирани с ветеринарномедицински продукти или че т.нар. карентен срок (времето, през което организмът се освобождава от ветеринарномедицинския продукт) вече е изтекъл.
Всяка година в България се провеждат 10 – 12 мисии на Главна дирекция САНКО „Здравеопазване и защита на потребителите” към Европейската комисия, която следи за спазването на изискванията на европейското и националното законодателство по отношение на безопасността на храните от животински произход. От началото на 2010 г. всички млекопреработвателни и месопреработвателни предприятия са одобрени за търговия в рамките на Европейския съюз, което е доказателство за високата степен на контрол върху безопасността на произвежданите у нас продукти.