През есента, когато листата опадат, дръвчетата са най-достъпни за преценка на здравният им статус. Тогава по тях могат да се видят всички промени, причинени от болести или неприятели - наличието на изсъхнали клони и клонки, мумифицирали плодове, яйчни купчинки и др. При констатиране на подобни симптоми преди есенното пръскане е наложително отстраняването на поразените части с фитосанитарна резитба и изнасянето им от насаждението. По този начин се унищожават причинителите на ранното кафяво гниене, брашнестата мана по ябълката, бактериалното изсъхване, дидимела по малината, корояди и др. болести и неприятели. При наличие на напукана кора по стеблата на дърветата, преди варосването тя се остъргва и също се изгаря, защото в нея намират убежище зимуващите гъсеници на плодовите червеи.
Не трябва да се забравят и мерките срещу гризачите, които ще спестят пролетни неприятности. Младите дръвчета трябва да се предпазят от гризещите бозайници, като се обвият с велпапе или други подходящи материали. За борба с полските мишки около стъблата на дърветата в активните ходове се залагат отровни примамки.
През есента се появяват и пеперудите на педомерките. За борба с женските, които не летят, а пълзят по стеблата, за да снесат яйцата си по клонките, се поставят лепливи пояси от твърда хартия или велпапе, намазани с незасъхващо лепило. Те се превързват в горния край на стъблото с канап или сизал. Пеперудите пълзят отдолу нагоре по стъблото и се залепват по поясите, които през зимата се свалят и изгарят.
Почистват се издънките около стъблата на видовете, които са склонни към образуването им – вишни, сливи и др. Почистването се прави с остър нож от основата на израстъка, защото иначе се развиват много спящи пъпки и дървото обраства с още повече издънки. Изкореняват се и всички изсъхнали или вирусно болни дървета, които са източник на зараза за насаждението.